Обновлено 09.02.2011
Автор: Administrator
Мы хотели бы представить для российского научного сообщества новый сайт с некоторыми популярными сервисами по биоинформатике - http://bri-shur.com. Среди используемых алгоритмов - как оригинальные разработки группы Genebee так и другие адаптированные открытые программы.
Сервисы включают скрининг по гомологии, множественное выравнивание, скрининг по регулярному выражению, филогенетический анализ, гомологичное моделирование, некоторые полезные утилиты, а так же собственную поисковую систему по базе Medline.
Общеизвестно, что американские и европейские биоинформатические веб-порталы по уровню намного опережают российские. Так, программа Blast является общепризнанным эталоном в решении задачи скрининга по гомологии. Однако опыт разработчиков сайта
bri-shur.com позволяет утверждать, что при некоторой доле упрямства можно создать оригинальные сервисы, которые если не превосходят эталонные американские сервисы, то по крайней мере дополняют их и занимают свою нишу в разнообразных способах анализа биологической информации, которыми может пользоваться ученый.
Анализ последовательностей биополимеров - благородная задача, находящаяся на переднем крае науки. Некоторые люди даже сравнивают это занятие с толкованием Библии. Название сайта bri-shur.com также составлено из древнееврейских корней: "bri" - жизнь, животное и "shur" - выстраивать в ряд, упорядочивать. Поэтому и в качестве логотипа сайта выбраны древнеарамейские буквы, обозначающие название сайта.
Работа над проектом началась с адаптации программы скрининга по гомологии, разработанного группой Genebee в НИИ ФХБ Белозерского, к новым платформам и новым базам данных. Получившийся сервис сейчас проигрывает Blast по скорости работы, что планируется исправить за счет использования ускорителей на GPU. Также планируется добавить в сервисы скрининг по профилю, аналогичный по использованию сервису psi-blast.
Далее на сайте был адаптирован как сервис алгоритм множественного выравнивания Genebee, который до сих пор является одним из лучших в мире алгоритмов множественного выравнивания, филогенетический анализ по собственному алгоритму и такая полезная утилита как скрининг по регулярному выражению.(паттерну), а также популярная программа nest по гомологичному моделированию пространственных структур белков. Сервисы по возможности состыкованы друг с другом, для более удобной передачи данных с выхода одного сервиса на вход другого.
Поскольку, объем банка данных последовательностей постоянно увеличивается вместе с ним растет и объем биологической литературы. Одной из перспективных тенденций в мире является компьютерная обработка естественного языка в приложении к биологической литературе. Для участия в этом направлении, на сайте была разработана собственная поисковая система по базе Medline. С этой целью база Medline была проанализирована, автоматически выделены и размечены фразы, которые могут быть аналогами ключевых слов, и проведен синтаксический анализ, чтобы улучшить качество поиска и упростить нахождение нужной статьи. Так как сайт существует не в вакууме, а среди других более крупных проектов, в ряде случаев автоматически генерируются ссылки в нужное место портала Ncbi.
В планах разработчиков сайта - предоставлять сервисы для ресурсоемких расчетов на суперкомпьютерах по таким тематикам как молекулярная динамика и квантовая химия. Также разработчики открыты для сотрудничества по исправлению ошибок, улучшению интерфейса и добавлению новых сервисов. Для этого на сайте настроен форум, где можно высказывать пожелания и обсуждать интересующие вопросы.
Скриншот сервиса множественного выравнивания на сайте.
