Определение абсолютных концентраций белков методами протеомного анализа

 

Определение абсолютных концентраций белков методами протеомного анализа

 

В.Г. Згода

 

Институт биомедицинской химии РАМН

  лаб. системной биологии

 

Почему масс-спектрометрию (ESI) не считают количественной?

 

        Интенсивность MS ответа – определяется способностью соединения к ионизации (индивидуальна для каждого соединения)

        Нестабильность ионизации – зависимость от растворителей, положения источника распыления и т.д.

        Супрессия ионизации – зависимость MS ответа от окружающих компонент.

 

 

 

 

Выход

 

        Проведение калибровки

        Использование внутреннего стандарта для нормализации (учесть супресию и нестабильность ионизации)

        Лучший внутренний стандарт - тоже самое соединение, полученное с использованием изотопных атомов (С13, N15 )

 

 

Как получить стандарт?

 

Синтезировать

AQUA - Absolute quantification of proteins and phosphoproteins from cell lysates by tandem MS, Scott A. et al, PNAS, 2003 vol. 100 no. 12 6940–6945



 

 

 

Экспрессировать полноразмерный белок с включением «тяжелых» аминокислот

 

Alain Dupuis et al, Protein Standard Absolute Quantification (PSAQ) or improved investigation of staphylococcalfood poisoning outbreaks Proteomics 2008, 8, 4633–4636

 

 

 

Создание синтетического гена для экспрессии