Приветствую вас дорогие пользователи и это моя первая статья по биоинформатике, надеюсь, что она окажется для вас полезной.
Моделирование третичной (пространственной) структуры белка — одна из наиболее важных задач биоинформатики. Со времен возникновения биохимии, ученым удалось установить множество закономерностей, благодаря которым стало возможным вычислять строение и структуру белков. Однако химические и биологические свойства белков изучаются эмпирически (путем проведения лабораторных экспериментов). До сих пор, четкая корреляция между строением белковых молекул и их свойствами не выявлена. 3D-модели в будущем помогут эффективно сопоставлять теоретические и эмпирические данные, чтобы создавать искусственные белки с необходимым набором свойств.
На сегодняшний день, известно об официальном существовании первичной, вторичной, третичной (глобулой) и четвертичной структурах белков. Однако четвертичную структуру можно отнести к взаимодействиям между различными глобулами, поэтому она будет интересовать нас в меньшей мере.
Известно 20 видов аминокислот, которые в строительстве всех белков живых организмов.
В большинстве литературы можно встретить трехбуквенное обозначение название аминокислоты, но в биоинформатике принято использовать однобуквенную номенклатуру (FASTA-формат) для работы с наиболее перспективными программами.
A alanine B aspartate or asparagine C cystine D aspartate E glutamate F phenylalanine G glycine H histidine I isoleucine K lysine L leucine M methionine N asparagine |
P proline Q glutamine R arginine S serine T threonine U selenocysteine V valine W tryptophan Y tyrosine X any Z glutamate or glutamine * translation stop - gap of indeterminate length |
Обратите внимание! Несмотря на то, что количество аминокислот 20, для FASTA-формата работают все буквы английского алфавита (кроме O и J), а также два специальных символа (* и -).
B — либо аспарагин, либо аспарагиновая кислота (аспартат) в случае неопределенности;
U — селеноцистеин;
X — любая аминокислота в случае неопределенности;
Z — либо глутамин, либо глутаминовая кислота (глутамат) в случае неопределенности.
Главной сложностью в моделировании белков является, безусловно, не построение самой трехмерной модели, а определение истинной конформации исследуемого белка. Дело в том, что в 1968 году Сайрус Левинталь вычислил, что для белка, который имеет 100 аминокислотных остатков существует приблизительно 100 в сотой степени конформаций. При это за ничтожное время (10 в -13 степени секунды), аминокислотная цепь формирует наиболее энергетически выгодный вариант. Данное явление до сих пор не находит объяснения, что является основным камнем преткновения в моделировании беловых молекул. Именно по этому, построение производится на основании гомологов из базы данных, 3D структуры которых выявлены эмпирически. Однако даже сравнение со всеми гомологами требует огромного количества времени и скорости работы системы. Именно поэтому, выгодно использовать для перебора возможных конформаций специальные сервисы, которые работают через суперкомпьютеры, предназначенные для выполнения подобных задач.
Пермеазы — ферментоподобные белки бактерий, участвующие в транспорте метаболитов, находятся в периплазме микробной клетки. Эти белки участвуют в облегчённой диффузии веществ в клетку бактерии. Этим путём в клетку поступает ограниченное количество соединений. Выбранный мною белок является переносчиком гидроксамата железа в клетке Rhodobacter sphaeroides.
Для построения использовался сервис I-TASSER
Работа производилась следующим образом:
1) Поиск белка по базе NCBI дал информацию о его последовательности:
MSRPAQLALAGVGLLAAALWAWAAVGLLPPGSWPSLPFRAEAMSLEQILLAFGLMPRGTVALLAGAALGLSGALLQTVLRNPVADPTTLGISSGAQLALVLSTIFAPTLLVDGRWPVAMAGAALAAALVLAVGARRAFAPVTMVIVGMLVGLTSSAIATALTLAQGEYLLSLVIWNGGSLVQQDWSGVRALALVLASGGLAAALLARPLRVLSLGAEGAASLGLRVAAVRLAGIAVAVILAGSVSAELGLIGFVGLAGPALARSLGARTIPERLMLSSLIGALLLSLCDGVVLTVAGASGEMFPTGALTGLIGGPLLIWLLPRLRGSTPPGTEAAEGPAVRLARPRPVLLALAATLVAVSLALVWIGRVPGGWVILDTQSFADFLPMRLPRLIAAASAGAALATAGALLQRLTGNPLASPEVLGVSGGAALGYALAIYLVAAPTAPLLHGATMAGGVIALALVAAYLLRREMPAERILLAGIAVSALASAVLSAMMASGDARSWAVLAWLSGSSSAVLMPGALALAAVALTLWAAALATARWLAILPLGPGVAGGLGLPLRRARVALILLAGLATGAATVLVGPLSFVGLMAPHMARRAGLARPAHHVTGAALIGALLMLLADFGARVAGFPYELPLGLFASLIGAPWLLWLLMRANR |
5) Кроме того, на сервисе http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER
существует возможность определить элементы вторичной структуры уже в построенной глобуле.
Как уже было сказано ранее, связь строения белковых молекул с их функциями еще не обнаружена. Поэтому, со временем, анализ компьютерных моделей белка и свойств природных белков, позволит установить зависимость, которая сможет стать причиной революции в молекулярной биологии.
Когда это случится, человечество:
— сможет синтезировать антибиотики, которые будут специфичны к конкретному виду микроорганизма;
— появится возможность подробно изучать принцип работы ферментов, белковых гормонов и т.д.;
— появится возможность изучения метаболического пути, начиная от гена и заканчивая фенотипическим признаком;
— и т.д.
Следующая > |
---|
Комментарии
личная карточка (форма Т-2),
работник обязательно должен пройти первичный инструктаж по технике безопасности и охране труда и инструктаж на рабочем месте, о чем в специальном журнале делается соответствующая запись.
РјРѕР¶РЅРѕ ли шуметь РІ выходныРµ
Какие условия должен обязательно содержать трудовой договор?
РјРѕР¶РЅРѕ ли РЅРѕРІРѕСЂРѕР¶Р ґРµРЅРЅРѕРіРѕ ребенка РїСЂРѕРїРёСЃР°С ‚СЊ
Единая форма трудового договора, которая могла бы применяться при их заключении любыми работодателями с любыми работниками, действующим законодательств ом не предусмотрена. Тем не менее статья 57 ТК предписывает, что любой трудовой договор должен содержать следующие условия:
Фамилия, имя, отчество работника и наименование работодателя (фамилия, имя, отчество работодателя - физического лица), заключивших трудовой договор,
Сейчас ваш малыш размером с инжир.
Средние размеры плодного яйца в первом триместре беременности.
поделки осень детские
Внутренний диаметр (мм) - 65.
от молочницы реклама
Площадь (мм2) - 3072.
https://bubblemom.ru - Беременность, роды, мама и дети. Календарь беременности по неделям
Объем (мм3) - 131070.
7 недель беременности.
8 недель беременности.
таблетки от молочницы недорогие
9 недель беременности.
недорогие таблетки при молочнице
10 недель беременности.
https://bubblemom.ru - Беременность, роды, мама и дети. Календарь беременности по неделям
11 недель беременности.
К симптомам заболевания относится увеличенный размер околоушных слюнных желез, лимфоузлы также увеличиваются.
Появляется краснота в горле, возникает боль при жевании, поднимается температура.
цинга симптомы причины
Заболевание начинает развиваться после попадания вируса на слизистую оболочку носоглотки и ротовой полости, затем инфекция проникает в кровь.
зачем нужна вода для человека
Свинка вызывает поражение околоушных слюнных желез, поджелудочной железы, яичек.
Эпидемическому паротиту подвержены дети в возрасте от года до 15 лет.
Сустав массируют с разных сторон, применяя приемы кругового поглаживания большими пальцами обеих рук и спиралевидного растирания.
Массаж плеча начинается с поглаживания, причем массажист обеими кистями рук обхватывает плечо пациента.
врач на букву л
Немного разогрев мышцы плеча, специалист переходит к полукружному растиранию.
от чего бывает упадок сил
Следующий этап мягкое разминание.
Сеанс завершается приемом валяния.
Инкубационный период обычно короткий, составляя от одного до четырех дней.
Вирусы, начинают распространятьс я от инфицированного человека до того, как появятся симптомы и распространение достигает пика во время симптоматическо й фазы.
медведка опасна ли для человека
Существует такое разнообразие вирусов, взывающих простуду, что человек практически не может выработать иммунитет к простуде.
таурин аминокислота для чего
На сегодняшний день не существует лекарств, которые бы существенно сократили продолжительнос ть болезни, а большая часть лечения направлена на то, чтобы смягчить симптомы.
ГОВОРЯЩИЕ НАЗВАНИЯ БОЛЕЗНЕЙ.
Пляж Whitehaven Beach как и остров Whitesunday, на котором он расположен, имеет статус национального парка Австралии, потому на этом острове нет не одного отеля, а вот необыкновенно красивых птиц не один десяток.
южная озереевка
Все туристы останавливаются на соседних островах, а потом на лодках плывут на этот фантастический пляж.
12 Куба Varadero.
анапа пингвинарий официальный сайт - https://allbriz.ru/lazarevskoe/guide/pingvinarij-morskaya-zvezda/
Секвестранты желчных кислот, использующиеся для снижения уровня холестерина путем предотвращения реабсорбции желчных кислот также могут уменьшить поглощение витамина К и других жирорастворимых витаминов, хотя клиническая значимость этого эффекта не ясна.
Похожий эффект могут иметь препараты для похудения, которые ингибируют поглощение организмом жиров, соответственно, и жирорастворимых витаминов 4 .
что такое переохлаждения
Мы собрали самые важные моменты о витамине К в этой иллюстрации и будем благодарны, если вы поделитесь картинкой в социальной сети или блоге, с ссылкой на эту страницу .
что такое аднексит и как его лечить
Vitamin K, источник Ferland G.
The Discovery of Vitamin K and Its Clinical Applications.
Бюджетный отпуск в Турции.
южная озереевка
Решая, куда лучше ехать на море, впечатляющее число туристов из России выбирают курорты Турции.
И не зря, ведь именно эта страна предлагает лучшее соотношение цены и качества.
карта ейска с улицами и домами подробно - https://allbriz.ru/eysk/map/
Новым пользователям необходимо зарегистрироват ься.Россия - Алкогольные напитки - интернет магазин.
Водка «Абсолвент» Водка «39 Регион»
водка в канистрах 5 литров в санкт петербурге цена
есталка» расположен завод в городе Черняховске Калининградской области. Сегодня он выпускает следующие виды продукции: - итальянские игристые вина.
алкоголь недорого спб
Производство и торговля.
алкоголь недорого спб - Алкоголь в канистрах в спб.
Производство и торговля.